地名由来：原名哨马营，明正统年间，改哨马营为土门。

2019年1月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名土门镇为2018年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

清水县辖乡。

1954年设土门乡，1962年改公社，1984年复设乡。位于县境西部，距县城23公里。面积68平方公里，人口1.6万。天(水)陇(县)、北(道)土(门)公路从境内通过。辖土门、刘湾、周山、梁山、下赵、新义、丰盛纁、云山、小庄、金蔡、苍下、张上、西坡、高庙、朱王15个村委会。农业主产小麦、玉米、薯类，盛产胡麻、葵花子。

历史沿革：

清朝以前，境域为秦地，属陇右古上邦之一隅。

民国元年（1912年）后，为秦安县云山镇管辖。

1949年11月，土门设乡。

1951年7月，由秦安划拨天水县远门区。

1954年3月，又从天水县划拨清水县，属清水县第六区（远门区）管辖。

1958年8月，撤乡，属新化公社土门管理区。

1961年，设土门公社。

1965年，新义公社全部及高川、水清公社部分并入。

1983年12月，改为土门乡。

2017年3月，撤乡设镇。