地名由来：因境内的芦沟河而得名。

2023年1月，江苏省爱国卫生运动委员会命名芦沟镇为2022年度江苏省卫生镇。

2018年12月，第二批江苏省生态文明建设示范镇村名单出炉，芦沟镇上榜。

芦沟镇地处建湖县城东南，西与沿河、北与近湖镇接壤，东南分别与庆丰镇和盐都区龙冈、秦南、楼王等镇相邻。全镇总面积74平方公里，耕地面积4587公顷。全镇下辖16个村（居）89个村民小组。总人口4.84万人，正在建设中的盐淮高速公路穿境而过，规划中的231省道也即将进入勘测阶段。2003年全镇实现国内生产总值3.082亿元，比上年增长15.7%，其中第一产业1.019亿元，第二产业1.267亿元，第三产业7760万元，比上年分别增长4.1%、24%和20%，财政收入实现1002万元，比上年增长17.5%，首次突破千万元大关，农民人均纯收入达到3796元，同比增长10.8%。

项目推进势头强劲。2003年抽调机关事业单位28名同志组建了上海、南京、苏锡常、浙江等7个招商中心，常年在外驻点招商。面对非典和涝灾的双重夹击，及时调整工作思路，创新工作方法，夺取了抗灾和发展的新胜利，2003年5月13日，在抗击非典的关键时刻，全镇投入超千万的宝谊汽车配件制造项目开工奠基。由于措施得力，当年全镇引进并实施各类项目30个，新开工投入超3000万元的重点项目2个，1000万元以上的项目7个，500万元以上的项目7个，100万元以上的项目14个，新办了13个具有一般纳税人资格的企业，固定资产投资1.2亿元，完成技改工作量9000万元，超额完成了县下达的年度计划指标。新建的芦沟工业园，建有标准厂房20幢，恺乐卫生材料、玮达焊接材料、红枫木业、华杨木业等千万元以上项目先后投入生产。

农业经济稳步发展。东升、芦东等村制种面积有所扩大，制种收入稳步提高，农业在遭受特大洪涝灾害、粮食减产的严峻形势下，由于粮价提升，农民减产不减收。徐沟、红亮、双庆、芦北等村无公害粮食生产基地通过省级认证。水稻机插秧，为省农机局提供现场点。全镇新发展千只以上养鸡大户38户，百只以上养猪大户35户，百只以上养兔大户286户，形成了大同、五联、田曹、芦东、淳化、裴刘等专业村组和一大批各具特色的专业大户。

改革工作取得显著成绩。按照“彻底改、改彻底”的要求，深化企业产权制度改革，成功对裴刘卫生院实行改制，开创了镇卫生院改革先河，为面上推广积累了经验。

历史沿革：

1958年9月，成立联星人民公社。

1959年3月，改名芦沟人民公社。

1983年3月，改为芦沟乡。

2000年11月，撤乡设镇。