地名由来：古名摩沙勒。清初改称磨沙。磨为傣语“盐沙”之意，后讹为漠沙。

2021年3月，漠沙镇入选2020年云南省卫生乡镇名单。

2014年7月，农业部认定漠沙镇为第四批全国一村一品示范村镇（漠沙苦瓜）。

漠沙镇位于新平县西南部，地处哀牢山东麓，红河中上游，处于东经101°35.5′—101°54.8′，北纬23°43.4′—23°58.8′之间。东与平甸乡和扬武镇接壤，南与元江县的东峨镇连接，西与建兴乡和平掌乡相邻，北与戛洒镇和新化乡毗邻。镇政府驻地托竜街距昆明市243千米，距新平县城64千米，省道218线、新漠公路、元漠公路及新三公路形成便利的交通网络。全镇土地面积684平方千米。镇域内既有海拔2000米以上的高寒山区，又有500米以下的低海拔河谷热坝。受海拔高差影响，呈明显立体气侯，坝区温暖湿润，半山云雾缭绕，山头寒气袭人，自古便有“一山分四季，十里不同天”的说法。漠沙素有“天然温室”之称，盛产水稻、玉米、甘蔗、苦瓜、荔枝、西瓜、香蕉、芒果等粮经作物，苦瓜、荔枝、西瓜、西尼红糖等特色农产品远销省内外。

人口·民族2017年末，全镇总人口46605人，其中男23822人，女22783人；少数民族人口41669人，占总人口的89.4%。人口自然增长率5.51‰。乡村从业人员数29570人。

行政区划2017年末，全镇辖西尼、双河、坡头、峨德、平安、胜利、和平、仁和、黎明、鱼塘、团结、关圣、曼线、曼蚌、小坝多15个村委会和龙河、曼竜、曼勒3个社区，284个村民小组，303个自然村。

经济概貌2017年，全镇实现生产总值12.26亿元，增长11.3%；其中：第一产业增加值5.23亿元，增6.7%；第二产业增加值1.06亿元，增18.9%；第三产业增加值5.97亿元，增14.3%。地方财政收入完成369万元，减36%；一般预算支出7829.88万元，增27%；规模以上固定资产投资4.7亿元，增23.7%；农村经济总收入8.5亿元，比上年增16.2%；农民人均所得14246元，比上年增15%。

历史沿革：

漠沙镇在宋大理国时，为马笼（龙）部地，隶属威楚府（今楚雄）。

元朝，元宪宗时（公元1251-1259年）立为二千户所，隶属宁州（今华宁）万户府，后改二千户所为马龙、他郎（今新化）二甸，为马龙甸地，改属元江万户府；元至元十三年（公元1276年），以马龙等甸管民官并于他郎甸（新化）置司，为司辖地，属元江府。

明朝，明洪武初改为马龙他郎甸长官司（司治仍于新化），为司辖地，直属云南布政司；明洪治八年（公元1495年），废马龙他郎甸长官司，改置新化州，为州辖地，改属临安府（今建水）。

清朝，康熙四年（公元1665年），裁新化州入新平，为县辖地，属临安府；乾隆三年（公元1738年），今黎明村瓦白果村民小组还设过世袭土千总，关圣村他旦村民小组（原址）设过土把总；清宣统元年（公元1909年）至民国二十一年（公元1932年），划为南区。

民国二十二年至二十四年（公元1933-1935年）称为第三区，民国二十五至三十七年（公元1936-1948年）改为漠沙乡、振武乡。

1949年9月，南区成立区乡政府。

1950年11月，南区改为第四区，辖区未变。

1958年12月，四区划为两个人民公社。

1959年2月，第一第二人民社会合并为漠沙人民公社。

1960年9月，漠沙公社改为漠沙农场。

1961年5月，农场改为人民公社，管理区改为大队，调整为两个公社。

1962年，漠沙、曼蚌公社合并为第四区，大队改称小公社。

1968年5月，成立区革委会。

1970年3月，区改为人民公社革委会，小公社改为大队革委会。

1983年冬至1984年初，区乡体制改革后，改漠沙公社为漠沙区。

1987年，漠沙区改为漠沙乡。

1996年9月，漠沙区改为漠沙镇。