地名由来：元马镇取意为元谋之马街。马街为明朝设立的集市，逢午（马）、子（鼠）而市，因取午属为名，故称马街。
2014年7月，元马镇被国家住房城乡建设部等七部委确定为全国重点镇。
元马镇地处元谋县中部，镇人民政府驻地元马镇发祥路43号，是全县政治、经济、文化的中心。跨东经101o50′～102o03′，北纬25o40′～25o45′之间，属云贵高原西部，滇中高原的主体部位。地势多为金沙江干热河谷平坝区。整个地势东南高，西北低；南北窄，略呈长方形，境内最高海拔1322米，最低海拔1065米。气候属南亚热带干热季风气候，昼夜温差大，四季不分明（仅有农历冬月气温较低），基本无冬、无霜，故有“天然温室”之称。
元马镇有着优越的自然条件，生态环境在元谋县中首屈一指。森林覆盖面积达28%，林木蓄积量57540m3。土地以紫色土、水稻土、红壤和黄棕壤为主，紫色土主要分布于海拔1065～1322米的东部坝区。元马镇城区一带属湖泊沉积土，内含速氮、速钾较丰富，适宜水稻、蔬菜、甘蔗、水果等作物生长。南部杨柳村、汉禄一带属燥红壤性水稻土，含速氮、速磷、速钾丰富，适宜水稻、柑桔、蔬菜生长。
本镇辖马街、张二村、双龙、翠峰、东城、大沟、龙泉、清和、摩诃、星火10个社区居民委员会和乐甫、禾阳、丙华3个行政村，82个村（居）民小组，有国土面积133.4平方公里。2016年末，全镇共有23916户59273人（县级机关单位总人口604人，13个社区、行政村总人口58669人）。其中：男30078人，女29195人；城镇人口38530人，乡村人口20743人；少数民族15136人，占总人口的25.43%。主要少数民族有彝族10275人、傈僳族2649人、回族1473人。年末耕地面积42493亩，其中水田23168亩、旱地19325亩。粮食作物播种面积88127亩，总产量24308吨，人均有粮572千克；种植蔬菜37101亩，蔬菜总产量112985吨，蔬菜产值27719万元。全年肉类总产量5344吨，禽蛋产量113吨。年末全镇城乡居民储蓄存款余额497018.91万元，农民人均纯收入10335元。全镇工农业总产值511314万元（其中:工业总产值441336万元、农业总产值69978万元），财政总收入7453万元。个私经济5424户，从业人员27835人，实现营业收入73.12亿元，实交税金5431万元。全年完成规模以上固定资产投资5.7亿元，完成招商引资28.56亿元。
镇党委下辖基层党委4个、党总支13个、党支部119个，年末有中共党员2179人。其中：农村党员1513人；少数民族党员444人；女党员628人。年内发展-员25人。其中：少数民族党员5人；女党员15人。镇团委下辖村级团委1个、团总支14个、团支部84个，年末有团员1563人。其中：少数民族团员311人；女团员871人。
全镇有普通中学1所，教学班51个，在校生3186人，教职工264人，其中专任教师170人，初中毛入学率123%、升学率98.57%、巩固率98.8%。有中心完小2所、完小11所，教学班128个，在校生4839人，教职工324人，其中专任教师312人，小学入学率100%、升学率100%、巩固率99.75%。有中心幼儿园1所，教学班12个，在园幼儿485人，教职工55人，其中专任教师42人。全镇有农民专业技术协会102个、会员8695人，组建农民专业合作社107个，社员3111人。有镇文化站1个、农家书屋19个，文化站藏书0.95万册。有农村文化活动室53个,有混凝土篮球场106块，其中灯光球场37块。有农村文艺演出队43支1065人，民间传统花灯队15支203人。广播覆盖率100%，电视覆盖率100%。有镇卫生院2个,社区（行政村）卫生室13个，镇卫生院有卫生专业技术人员103人，13个社区（行政村）卫生室共有乡村医生29人。全镇参加新型农村合作医疗保险36980人，参保率169.12%，收取新型农村合作医疗保险费469.09万元。
历史沿革：
汉代时期，属益州郡弄栋县。
蜀汉时期，属云南郡蜻蛉县。
东晋、南宋，属建都郡。
唐代时期，属縻州都督府磨豫县。
大理政权时期，先为环州，后改环州为华竹部，属华竹部。
元代时期，置元谋县，同置马街集市。
清初时期，县以下行政机构设马，属月法车马。
清乾隆年间（1736年—1796年），改马设乡，属乌山前半乡一、二、三、四甲。
民国十九年（1930年），改乡为区，属元谋县第一区，合原未改区前之乌山前半乡一、二、三、四甲为一镇，称马街镇。
民国二十九年（1940年），马街镇改名元马镇，升格为乡级行政单位。
民国三十三年（1944年）1月，华竹乡并入元马镇。
1950年1月19日，元谋县城解放，随即成立人民政府，元马镇属区级单位。
1958年8月，成立红旗公社，元马镇并入红旗公社。
1962年，恢复元马镇。
2006年，能禹镇并入元马镇。