地名由来：芭沟镇原名芭蕉沟，以前此处的岩壁前（在今工农村2组）耸立着一块形似芭蕉的石树，故名。后因取石，石树被毁，今尚存有遗迹。“中福公司”在此开办嘉阳煤矿，芭蕉沟又曾叫“中福场”，以前为张沟乡辖地。
2020年7月，全国爱国卫生运动委员会重新确认芭沟镇为2020年国家卫生乡镇（县城）。
2017年10月，芭沟镇荣获四川省首批省级森林小镇称号。
芭沟镇位于县城西北17公里的嘉阳煤矿三井（跃进桥），西面和西南面与沐川县海云乡和黄丹镇接壤。面积37.3平方公里，辖8个行政村59个村民小组、2个社区居委会20个居民小组，总人口5214户13507人，其中农业人口6755人。年末耕地面积5025亩，全年社会总产值23151万元，同比增长7%，农民人均纯收入8915元，比上年增加1256元，增长14%。机关在编工作人员25人，党支部12个，党员300人。
【农业】农作物播种面积13845亩，其中粮食作物12234亩，总产量4170吨。小春农作物4809亩，其中小春粮食1550亩，总产量202吨；油菜籽1510亩，总产量135.9吨。成立芭沟镇水果协会，成片种植“花红李”200余亩，带动周边农户80余户，年收益60万元。
全年栽竹种树300亩，管护林竹8140亩，巩固退耕还林3300亩，实施天保14476亩。公益林管护1064亩，兑现公益林管护资金10374元。汲取“4.17”重大森林火情教训，完善《森林火灾扑救预案》，落实森林防火制度，完善应急机制措施，新增专兼职巡山员18人，发放森林防火宣传资料2500余份，刷写标语6幅，制作固定防火标志20个。
全年出栏生猪9600头、小家禽1.2万只、牛450头、羊1500只，禽蛋60吨。新发展LY、PIC优良母猪15头。
【农田建设与农技推广】发放良种补贴97276.2元，惠及8个村，其中油菜补贴1977.5亩19775元，玉米补贴2032亩20320元，水稻补贴3806.4亩57101.2元。兑现粮食直补金58632.22元、农资综合补贴511997.43元、农业机械购置补贴29300元。投资4万余元，推广优质稻1200亩、抛秧800亩、旱育秧1500亩、强化栽培50亩、玉米地膜覆盖2040亩。农业新技术培训8期，参加1200人，书写宣传标语4幅，发放资料8000份。实施测土配方施肥，注重农作物病虫害防治，抓好农作物中耕管理。
【中小企业】10月政策性关闭国家沟煤矿、顺江煤矿后，已无中小企业。
【财政金融】财政收入476.96万元，年末存款余额97.27万元。
【文教卫生】初中1所，小学2所，幼儿园2所，共有教职工65人，在校生794人，其中初中150人、镇小418人、村小58人、镇幼儿园159人、村幼儿园9人。毕业班升入犍为一中10人、清溪高中35人、犍为职中30余人。镇卫生院医护人员7人，年就医8500余人次。村卫生站8个，医护人员9人。
按省级综合文化站标准设计，打造芭沟镇综合文化站。位于芭沟镇三井社区矿山公园内，占地面积约700平方米，基础设施建房投资700多万元，装修120余万元。设施齐全，设备完善，公共电子阅览室计算机16台，实现在线阅读。图书阅览室共有图书、报刊10000册，农村建设、生态发展等农家书屋用书1500册。电影放映厅按照院线放映厅标准建成，电影放映设备2套，其中0.8K数字电影机设备1套，专门播放公益电影，每周专场播放2场以上，小2K设备经营性放影1套，与乐山太平洋院线签订协议，全国院线同步上映，成为全县首个院线电影。
投入160余万元，建成标准人造草皮微型足球场3700平方米，标准塑胶篮球场、门球场、地掷球场各2个、羽毛球场1个。
铁路沿线环境美化工程5月全面完成，共种植三角梅3.53万株，面积204.37亩，投资78.86万元，其中省级补助50万元，县级补助1.28万元，以劳折资27.58万元。
【人口和计划生育】全年出生160人，符合政策生育率85.6%，人口自然增长率2.81‰。林竹帮扶基地1个100亩，联系户10户，帮带户15户，新增户10户。
【社会生活】农村最低生活保障204户398人，累计直发低保金433536元；城镇低保293户416人，累计直发低保金1071840元。对60岁以上农村-实行按照服役年限每年、每月10元的补助标准，全镇35名农村-全年累计发放补助资金23640元。
投入8万元维修芭蕉沟社区敬老院，新增床位16个，改善16位五保户的居住条件；全年累计发放五保户16户19人五保金5.7万元。60周岁以上领取养老保险821人，城镇居民社会养老保险参保243人，收取参保金8.62万元，60周岁以上领取养老保险315人。为282个60岁以上老年人拍照留念，为贫困老人发放健康茶油35瓶。
全面完成民兵整组、训练、兵役登记任务，确定预征对象36人。冬季征兵送检33人，身体合格4人，入伍3人。
【基础设施建设】“一事一议”硬化工农、铁牛、蕉坝三个村村组道路4.8公里，受益1136人。
投资800余万元，标准化、规范化整治车家沱、仙人脚2处水库。
规划的“芭沟风情街”已征地46.44亩16户，兑付征地拆迁款179.49万元。
以改善芭沟风情街生态环境为重点，投入72万元，启动景区环境连片治理，新建污水处理站1个，日处理污水400余吨。
【精神文明和民主法制建设】开展“三户”评选，表彰“五好家庭户”4户、“三八红旗手”1人。
召开人代会2次、主席团会议5次，开展代表小组活动4次，代表视察活动2次，执法检查和听取贯彻法律法规情况4次，办理代表批评建议意见7件，办结率和满意（基本满意）率100%。培训镇人大代表2次，主席团成员集中学习5次。
开展“六五”普法工作，举办法制讲座8次，受众5800人次。培训普法骨干4期100人次。开展法律咨询，接待1500人次，向村居民发放安全生产法、计划生育法和其他相关资料8000余份，并张贴上墙。办普法宣传专刊4期，调解各类纠纷133起。
历史沿革：
民国三十一年（1942年），并入马庙乡。
1951年6月，从马庙乡划出建立民主乡。
1952年11月，从民主乡分置联盟乡。
1955年8月，沐川县黄丹乡太和村和中福场划入联盟乡，更名工农村和新中街。
1956年1月，联盟乡并入民主乡。
1956年10月，建立芭蕉沟镇，管辖新中街和嘉阳煤矿矿区各居民小组。
1958年9月，芭蕉沟镇并入民主乡建立民主人民公社。
1959年7月，芭蕉沟镇划出建镇，更名芭沟镇。
1985年7月，民主乡更名菜子坝乡，以驻地菜子坝街故名。
1990年8月，芭沟镇政府机关驻地从芭蕉沟迁至三井（跃进桥）。
1992年8月，菜子坝乡撤销并入芭沟镇至今。