地名由来：明洪武年间，李姓由青州迁来立村，取名“半壁屯”。后因地处漯河帮道，多沙质土壤，地势平坦、肥沃，适于种蔬菜、瓜果，清初，“半壁屯”改名为“菜屯”。镇政府驻地菜屯村得名。
2020年12月，菜屯镇入选2020年度山东省省级文明村镇社区名录。
茌平县辖镇。1949年为原博平县菜屯区，1958年为公社，1984年设镇。面积59平方公里，人口2.8万。临(清)泰(安)公路过境。辖菜屯、孙武、赵方、崔营、商石、前韩、后韩、于洼、大黄、堤口冯、沙窝高、杨槐、阚庄、梁李、大娄庄、蜂李、任庄、伦徐、张贾、南海子、北海子、西海子、周桥、路良明、前樊、后樊、段庄、韩庄、高庄、林场27个村委会。乡镇企业有油棉、化工、农修、建材、食品等厂。农业主产小麦、玉米、棉花、花生、西瓜、蔬菜，有万亩林场，盛产苹果、红枣、桃、梨。
菜屯汉墓群
菜屯汉墓群年代为汉，位于茌平县菜屯镇政府东南1500米。1991年5月6日，菜屯汉墓群被公布为县级文物保护单位。
历史沿革：
1949年属博平县第五区。
1956年博平县并入茌平县，设为菜屯区。
1957年为菜屯乡。
1958年成立菜屯人民公社。
1962年又恢复为菜屯区。
1971年撤区并社，将菜屯区的西纸坊头、后陈庄、郭堤口、崔老庄、大朱5个自然村划归贾寨人民公社，李井范、乜堂、朱楼、蒋庄、许寨、王麻子、田庄、许庄8个自然村划为肖庄人民公社，更名菜屯人民公社。
1984年7月，设为菜屯镇。