地名由来：由于此地地处交通要冲，是聊城至阳谷、堂邑至阿城、沙镇至七级的道口，世传此地亦是古代行军屯兵处，居民多开店铺，过往客商多于此食宿、贸易，故此称村名为“过店屯”，后讹为郭店屯。因镇政府驻郭屯村而得名。

2020年3月，郭店屯镇入选2019年度山东省省级耕地保护激励乡（镇、街道）。

郭屯乡位于县境北部。因乡政府驻村而命名。1949年属阳谷县第三区，区公所设在九都杨村。1957年设郭屯乡。1958年8月并入安乐镇人民公社。1961年改属安乐镇区。1971年撤区并社，成立郭屯人民公社。　　

1984年改设郭屯乡至今。聊（聊城）阳（阳谷）公路、寿（寿张）郭（郭屯）公路横贯南北。2001年，全乡辖52个行政村，面积56.5平方千米，人口3.1万人。境内农业以种植小麦、玉米、棉花为主，果木有苹果、梨、枣等；工业以面粉加工、铸造业为主；全乡有中学1所，小学37所，卫生院1处。2001年，全乡工农业总产值2.3亿元，财政收入360万元，农民人均纯收入2082元。这里的人民具有光荣的革命斗争传统。0人杨耕心曾于1926年在其家乡九都杨村，建立鲁西第一个农村党支部——0九都杨支部委员会。

历史沿革：

1949年属阳谷县第三区，区公所设九都杨村。

1957年设置郭店屯乡。

1958年8月并入安乐镇人民公社。

1961年，改属安乐镇区。

1971年，撤区并社，成立郭店屯人民公社。

1984年7月，改设为郭店屯乡。

2010年7月经省政府批准撤乡建镇至今。