地名由来：因清康熙四十九年（1710），吴姓由县城琵琶洲迁此，以临近鹭鸶港得名鹭鸶港吴家。因镇政府驻地于鹭鸶港吴家，故名。

2022年3月，江西省爱国卫生运动委员会命名鹭鸶港乡为2021年度江西省省级卫生乡镇。

余干县辖乡。1963年为三湖公社，1983年更名鹭鸶港公社，1984年改乡。位于县境东北部、互惠河东岸，距县城7公里。面积28平方公里，人口2.6万。余(干)信(丰)公路纵贯西境。辖鹭鸶港、大沙湖、李家渡、沿河、上兴、汤村、方家洲、三湖、茶林、何埠、雷溪渡、前徐12个村委会。信江东支和互惠河环绕乡境。农业主产水稻，盛产芝麻、芦笋、珍珠。板鸭供出口。有食品、板鸭、粮油加工、砖瓦等乡镇企业。

历史沿革：

1949年前为二都乡。

1950年属七区三湖、繁城、渔池等乡。

1952年为三湖、繁城、中心、东湖、渔池等乡。

1956年属三湖、繁城两个乡。

1958年为繁城公社。

1963年为三湖公社。

1983年为鹭鸶港公社，1984年为鹭鸶港乡。