地名由来：传说境内牡丹村古时有一白音寺，院内有牡丹花盛开，闻名远近，因此得名牡丹镇。
牡丹镇位于秦州区西南部，东接店镇乡，南邻华岐乡，西与秦岭乡、礼县马河乡接壤，北与藉口、太京镇毗邻。境内地势起伏较大，其走向东北高，西南低。最高海拔2023米，最低海拔1581米，年最高气温34.6℃最低气温-20℃，年无霜期152天。年平均降雨量643.2毫米。境内稠泥河流经西南部。随着天牡、罗牡公路的拓宽改造，交通便利。
全镇总面积127平方公里，有耕地面积77200亩，主要农作物有小麦、玉米、洋芋、复种少量荞麦，经济作物有胡麻、油菜、夏粮收获后，种植胡萝卜、洋葱。面积大，销路畅、收益好。牡丹每逢农历三、六、九为农贸集市日，上市商品以禽蛋、日杂、百货、蔬菜、水果为主。
牡丹，传说在牡丹村有一白音寺，院内有牡丹花盛开，闻名远近，牡丹镇由此得名。镇政府设在牡丹村，镇党委书记、镇长：张雪亮，联系电话：0938-8331007。
全镇有40个村委会，161个村民小组，农村总户数4905户，农村人口27248人，男13896人，女13352人，农业劳动力10871人，男5906人，女4965人，劳动力按文化程度分组，高中以上978人，初中1885人，小学4172人，文盲半文盲788人。
全镇40个村委会都通上了路、电、邮。
全镇有农村中学1所，专职教师65人，在校学生800人，附中33所，专职教师30人，在校学生600人，小学31所，专职教师245人，在校学生2830人。
全镇有乡级卫生院1个，有各类卫生人员12人，床位12张。乡所在地还有供销社、信用社、邮电所、工商所、兽医站等单位。2000年全镇粮食总产量达到1140吨，农业总产值3765.62万元，乡镇企业总产值2777万元，农民人均纯收入1356元。
该镇主要土特产品洋芋、胡萝卜、洋葱远销四川、广州、海南一带。
境内的“木门道”，两边高山，林木丛生，中间很长的狭谷，地势险要。自古传说，三国时期，蜀魏之战，诸葛亮在这里制造木人木马、运筹粮草，与魏摆阵打仗。宝峰山寺院山高、风景优美，是人们观光旅游的好地方。
".
历史沿革：
民国元年（1912年）后，属牡丹镇。
1949年后，属天水县第十一区保丰、普岔、丰峪、秦岭、杨家寺、草川、海地7乡。
1958年，合并为秦岭公社。
1961年，公社划小成立牡丹、秦岭、杨家寺、草川、大柳树、海池、普岔7公社。
1969年，草川公社并入牡丹公社。
1983年，改为乡。
2001年9月，撤乡建镇。
2005年1月，归秦州区管辖。