地名由来：祖师殿镇因相传明朝末年，境内龟鹤山脚建有古寺，内供祖师菩萨，镇因寺名。

祖市殿镇、水田庄乡成建制合并设立祖师殿镇

溆浦县辖乡。1956年为祖市殿乡，1958年属红旗公社，1984年复置乡。位于县境东北部，距县城28公里，面积61平方公里，人口2万。乡政府驻荷叶。有公路通县城。辖松溪、四门、赤溪、荷叶、柳林、星光、坪头、向家垅、柳溪、两峰、清谭、双庄、王剑溪、匣龙、田庄、罩溪、白竹17个村委会。盛产油茶、葡萄、柑橘。

历史沿革：

民国时期，属四区朱湾乡。

1949年，属第七区。

1956年，为祖市殿乡。

1958年，属红旗公社。

1961年，红旗公社析置祖师殿公社。

1984年，由祖师殿公社改为祖师殿乡。

2001年，由祖师殿乡改为祖师殿镇。

2009年，属溆浦县。

2015年，水田庄乡成建制与祖市殿镇合并设立祖师殿镇。